Dans quelle mesure la toxicité d'Omicron a-t-elle diminué ? De nombreuses études en conditions réelles le révèlent.

« La virulence d'Omicron est proche de celle de la grippe saisonnière » et « Omicron est nettement moins pathogène que Delta ». … Récemment, de nombreuses informations concernant la virulence de la nouvelle souche mutante Omicron ont circulé sur Internet.

Depuis l'émergence de la souche mutante Omicron en novembre 2021 et sa propagation mondiale, les recherches et les discussions sur sa virulence et sa transmission se sont poursuivies sans relâche. Quel est le profil de virulence actuel d'Omicron ? Que disent les recherches à ce sujet ?

Diverses études en laboratoire : Omicron est moins virulent
En fait, dès janvier 2022, une étude de la faculté de médecine Li Ka Shing de l'université de Hong Kong a révélé qu'Omicron (B.1.1.529) pourrait être moins pathogène que la souche originale et d'autres souches mutantes.
Il a été constaté que la souche mutante Omicron était inefficace dans l'utilisation de la sérine protéase transmembranaire (TMPRSS2), alors que cette dernière pouvait faciliter l'invasion virale des cellules hôtes en clivant la protéine Spike du nouveau coronavirus. Parallèlement, les chercheurs ont observé que la réplication d'Omicron était significativement réduite dans les lignées cellulaires humaines Calu3 et Caco2.

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Dans le modèle murin k18-hACE2, la réplication d'Omicron était réduite dans les voies respiratoires supérieures et inférieures des souris par rapport à la souche originale et au mutant Delta, et sa pathologie pulmonaire était moins grave, tandis que l'infection par Omicron entraînait une perte de poids et une mortalité moindres que la souche originale et les mutants Alpha, Beta et Delta.
Les chercheurs ont donc conclu que la réplication et la pathogénicité d'Omicron étaient réduites chez les souris.

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Le 16 mai 2022, la revue Nature a publié un article de Yoshihiro Kawaoka, un virologue de renom de l'Université de Tokyo et de l'Université du Wisconsin, confirmant pour la première fois sur un modèle animal qu'Omicron BA.2 est effectivement moins virulent que la souche originale précédente.

Les chercheurs ont sélectionné des virus BA.2 vivants isolés au Japon pour infecter des souris et des hamsters k18-hACE2 et ont constaté qu'après infection avec la même dose de virus, les souris infectées par BA.2 et BA.1 présentaient des titres viraux significativement plus faibles dans les poumons et le nez que l'infection par la souche New Crown originale (p<0,0001).

Ce résultat de référence confirme qu'Omicron est effectivement moins virulent que la souche sauvage d'origine. En revanche, aucune différence significative n'a été observée dans les titres viraux pulmonaires et nasaux des modèles animaux après infection par BA.2 et BA.1.

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Les tests de charge virale PCR ont montré que les souris infectées par BA.2 et BA.1 avaient des charges virales plus faibles dans les poumons et le nez que la souche New Crown originale, en particulier dans les poumons (p<0,0001).

Comme pour les résultats obtenus chez les souris, les titres viraux détectés dans le nez et les poumons des hamsters infectés par BA.2 et BA.1 étaient inférieurs à ceux de la souche originale après « inoculation » avec la même dose de virus, en particulier dans les poumons, et légèrement inférieurs dans le nez des hamsters infectés par BA.2 par rapport à BA.1 – en fait, la moitié des hamsters infectés par BA.2 n'ont pas développé d'infection pulmonaire.

Il a également été constaté que les souches originales, BA.2 et BA.1, ne présentaient pas de neutralisation croisée des sérums après l'infection, ce qui correspond à ce qui a été observé chez l'homme lorsqu'il est infecté par différents mutants de la couronne.

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Données réelles : Omicron est moins susceptible de provoquer une maladie grave

Plusieurs des études mentionnées ci-dessus ont décrit la virulence réduite d'Omicron dans des modèles animaux de laboratoire, mais est-ce également vrai dans le monde réel ?

Le 7 juin 2022, l’OMS a publié un rapport évaluant la différence de gravité des personnes infectées lors de l’épidémie d’Omicron (B.1.1.529) par rapport à la pandémie de Delta.

Le rapport recense 16 749 nouveaux patients hospitalisés pour une maladie coronarienne dans toutes les provinces d’Afrique du Sud, dont 16 749 liés à l’épidémie de Delta (du 2 août au 3 octobre 2021) et 17 693 à l’épidémie d’Omicron (du 15 novembre au 16 février 2022). Les patients ont également été classés selon la gravité de leur état : grave, sérieux ou non grave.

critique : avoir reçu une ventilation invasive, ou de l'oxygène et de l'oxygène transnasal à haut débit, ou une oxygénation par membrane extracorporelle (ECMO), ou une admission en soins intensifs pendant l'hospitalisation.
-grave (grave) : a reçu de l'oxygène pendant son hospitalisation
-non grave : si aucune des conditions ci-dessus n'est remplie, le patient est considéré comme non grave.

Les données ont montré que dans le groupe Delta, 49,2 % des cas étaient graves, 7,7 % critiques et 28 % des patients hospitalisés pour une infection à Delta sont décédés. Dans le groupe Omicron, 28,1 % des cas étaient graves, 3,7 % critiques et 15 % des patients hospitalisés pour une infection à Omicron sont décédés. La durée médiane d'hospitalisation était de 7 jours dans le groupe Delta contre 6 jours dans le groupe Omicron.

En outre, le rapport a analysé les facteurs d'influence de l'âge, du sexe, du statut vaccinal et des comorbidités et a conclu que l'Omicron (B.1.1.529) était associé à une probabilité plus faible de maladie grave et critique (IC à 95 % : 0,41 à 0,46 ; p < 0,001) et à un risque plus faible de décès à l'hôpital (IC à 95 % : 0,59 à 0,65 ; p < 0,001).

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Pour les différents sous-types d'Omicron, des études complémentaires ont également analysé en détail leur virulence.

Une étude de cohorte menée en Nouvelle-Angleterre a analysé 20 770 cas de paludisme à Delta, 52 605 cas de paludisme à Omicron B.1.1.529 et 29 840 cas de paludisme à Omicron BA.2. Elle a révélé que la proportion de décès était de 0,7 % pour Delta, 0,4 % pour B.1.1.529 et 0,3 % pour BA.2. Après ajustement pour les facteurs de confusion, l’étude a conclu que le risque de décès était significativement plus faible pour BA.2 que pour Delta et B.1.1.529.

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Une autre étude menée en Afrique du Sud a évalué le risque d'hospitalisation et le risque d'évolution grave pour les souches Delta, BA.1, BA.2 et BA.4/BA.5. Les résultats ont montré que sur les 98 710 nouveaux patients infectés inclus dans l'analyse, 3 825 (3,9 %) ont été hospitalisés, dont 1 276 (33,4 %) ont développé une forme grave de la maladie.

Parmi les personnes infectées par les différentes mutations, 57,7 % des patients porteurs de la mutation Delta ont développé une forme grave de la maladie (97/168), contre 33,7 % des patients infectés par la mutation BA.1 (990/2940), 26,2 % de ceux infectés par la mutation BA.2 (167/637) et 27,5 % de ceux infectés par les mutations BA.4/BA.5 (22/80). L'analyse multivariée a montré que la probabilité de développer une forme grave de la maladie était la plus élevée chez les personnes infectées par la mutation Delta, suivie de celle des personnes infectées par la mutation BA.1, elle-même supérieure à celle des personnes infectées par la mutation BA.2. En revanche, la probabilité de développer une forme grave de la maladie chez les personnes infectées par les mutations BA.4/BA.5 n'était pas significativement différente de celle des personnes infectées par la mutation BA.2.
Virulence réduite, mais vigilance nécessaire

Des études en laboratoire et des données réelles provenant de plusieurs pays ont montré qu'Omicron et ses sous-types sont moins virulents et moins susceptibles de provoquer des maladies graves que la souche originale et d'autres souches mutantes.

Cependant, un article de synthèse paru dans le numéro de janvier 2022 de The Lancet, intitulé « Plus bénin, mais pas anodin », soulignait que, bien que l’infection par le variant Omicron représente 21 % des hospitalisations chez les jeunes Sud-Africains, la proportion d’épidémies entraînant des formes graves était susceptible d’augmenter dans les populations présentant différents niveaux d’infection et de vaccination. (Néanmoins, dans cette population sud-africaine généralement jeune, 21 % des patients hospitalisés infectés par le variant Omicron du SARS-CoV-2 ont présenté une forme grave, une proportion qui pourrait augmenter et avoir un impact considérable lors d’épidémies dans des populations aux caractéristiques démographiques différentes et présentant des niveaux d’immunité, qu’elle soit acquise par l’infection ou la vaccination, plus faibles.)

À la fin du rapport de l'OMS susmentionné, l'équipe a noté que malgré la virulence réduite de la souche précédente, près d'un tiers des patients hospitalisés pour une infection à Omicron (B.1.1.529) ont développé une forme grave de la maladie, et que les différents nouveaux mutants du virus continuaient d'entraîner une morbidité et une mortalité élevées chez les personnes âgées, immunodéprimées ou non vaccinées. (Nous tenons également à préciser que notre analyse ne doit pas être interprétée comme un soutien à l'idée d'une forme « bénigne ». Près d'un tiers des patients hospitalisés pour une infection à Omicron ont développé une forme grave de la maladie et 15 % sont décédés ; des chiffres loin d'être négligeables… Parmi les populations vulnérables, c'est-à-dire les patients aux âges extrêmes, les populations présentant une forte comorbidité, les patients fragiles et les personnes non vaccinées, la COVID-19 (tous types de variants) continue de contribuer de manière significative à la morbidité et à la mortalité.)

Les données précédentes d'Omicron, au moment où le virus a déclenché la cinquième vague de la pandémie à Hong Kong, ont montré qu'au 4 mai 2022, on dénombrait 9115 décès sur 1192765 nouveaux cas de COVID-19 au cours de cette cinquième vague (un taux de mortalité brut de 0,76 %) et un taux de mortalité brut de 2,70 % pour les personnes de plus de 60 ans (environ 19,30 % de ce groupe d'âge n'étaient pas vaccinés).

En revanche, seulement 2 % des Néo-Zélandais de plus de 60 ans ne sont pas vaccinés, ce qui est fortement corrélé à un faible taux de mortalité brute de 0,07 % pour l'épidémie de Covid-19.

En revanche, bien qu'il soit souvent avancé que la maladie de Newcastle pourrait devenir une maladie saisonnière et endémique à l'avenir, certains experts universitaires ont un avis différent.

Trois scientifiques de l'Université d'Oxford et du Centre commun de recherche de l'Union européenne pensent que la moindre gravité d'Omicron pourrait n'être qu'une coïncidence, et que l'évolution antigénique rapide et continue (évolution antigénique) pourrait engendrer de nouvelles variantes.

Contrairement à l'échappement immunitaire et à la transmissibilité, qui sont soumis à une forte pression évolutive, la virulence n'est généralement qu'un « sous-produit » de l'évolution. Les virus évoluent pour maximiser leur capacité de propagation, ce qui peut également entraîner une augmentation de leur virulence. Par exemple, en augmentant la charge virale pour faciliter la transmission, un virus peut néanmoins provoquer une maladie plus grave.

De plus, la virulence ne causera que des dommages très limités lors de la propagation d'un virus si les symptômes provoqués par le virus apparaissent principalement plus tard dans l'infection – comme dans le cas des virus de la grippe, du VIH et du virus de l'hépatite C, pour n'en citer que quelques-uns, qui ont amplement le temps de se propager avant de causer des conséquences graves.

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Dans ces circonstances, il peut être difficile de prédire l'évolution de la nouvelle souche mutante du coronavirus à partir de la virulence plus faible d'Omicron, mais la bonne nouvelle est que le nouveau vaccin contre le coronavirus a démontré un risque réduit de maladie grave et de décès contre toutes les souches mutantes, et l'augmentation rapide des taux de vaccination de la population reste un moyen important de lutter contre l'épidémie à ce stade.
Remerciements : Cet article a été relu par Panpan Zhou, PhD, de la faculté de médecine de l’université Tsinghua et chercheur postdoctoral au Scripps Research Institute (États-Unis).
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